JGit Java Git Library Unstaging Files

No puedo reiniciar para que funcione correctamente en JGit. Es decir. Puedo agregar todos los archivos al índice, y puedo eliminar/restablecer/retirar algunos de ellos del índice mediante el siguiente comando, pero no funciona para todos los archivos. ¿Cuál es la forma correcta de eliminar archivos en JGit?

repository.getIndex().remove(getWorkignDirectoryAsFile(), new File(getWorkignDirectoryAsFile(), fileName));
repository.getIndex().write();

también

Puede eliminar un archivo del índice usando JGit ResetCommand clase:

ResetCommand reset = new Git(repository).reset();
reset.setRef(Constants.HEAD);
reset.addPath("foo.txt");
reset.call();

El equivalente a un llano git reset el comando es

git.reset().setMode(ResetType.MIXED).call();

Donde git es una instancia de org.eclipse.jgit.api.Git y ResetType se refiere a org.eclipse.jgit.api.ResetCommand.ResetType